2016年1月，经南通大学党委研究，撤销后勤管理处、后勤集团建制，在原后勤管理处、后勤集团基础上组建后勤保障部。下设办公室、校区管理科、计划科、质量与安全管理科、人力资源科、公共卫生管理科；修缮服务中心、能源服务中心、医疗服务中心、物业服务中心、公寓服务中心、饮食服务中心、交通服务中心、经营服务中心14个科室、中心。

后勤保障部在校党政领导下全面开展后勤服务保障工作，主要负责全校的修缮、能源、医疗、环境、楼宇、餐饮、交通、经营等方面的服务与管理。

按照服务与管理分开的原则，后勤保障部各科室主要履行人财物的宏观管理、保障绩效管理及内部的管理、协调、服务职能。各中心实行目标责任制管理，通过订立一定的目标管理条款，厘清责、权、利关系。

近年来，在校党政领导下，全体后勤人笃行实干、团结向上、开拓创新，工作成效显著，师生满意率由88%上升到92%以上，实现了经济效益、社会效益双丰收，改革成果被遴选为全国高校后勤社会化改革优秀案例，先后荣获“全国高校后勤文化建设优秀单位”“全国高校物业管理优秀项目”“百家中国好食堂”“全国高校2022年校园服务新业态新理念案例示范项目”“2021-2022年度江苏省高等学校能源管理先进单位”“江苏省公共机构节能低碳示范单位”“江苏省高校后勤劳动教育实践案例示范单位”等多项荣誉，菜鸟驿站荣获“全国高校绿色减排”第二名和“江苏省五星站点”称号，为全面建设特色鲜明的国内一流大学提供了坚实的后勤保障，为全校师生幸福美好的校园生活贡献了后勤力量。

下一步，后勤保障部紧紧围绕校第四次党代会提出的目标，以实干求创新，以发展求突破，找准攻坚路线，落实好“两项计划”，即后勤信息化建设“三年行动计划”、保障工程升级计划，加快智慧后勤建设步伐，着力解决师生“急难愁盼”问题。建设好“四大工程”，即美丽校园建设工程、美好服务升级工程、后勤改革深化工程、文化后勤提升工程，以“管理规范、运行高效、智慧赋能、保障有力”为目标，脚踏实地、开拓创新、奋勇争先，做好后勤管理改革“后半篇文章”，为全面建设特色鲜明的国内一流大学、为实现“名城名校”融合发展战略贡献更多更大的后勤力量！