2016年1月，经南通大学党委研究，撤销后勤管理处、后勤集团建制，在原后勤管理处、后勤集团基础上组建后勤保障部。下设办公室、校区管理科、计划科、质量与安全管理科、人力资源科、公共卫生管理科；修缮服务中心、能源服务中心、医疗服务中心、物业服务中心、公寓服务中心、饮食服务中心、交通服务中心、经营服务中心等14个科室（中心）。

后勤保障部在校党政领导下全面开展后勤服务保障工作，主要负责全校的修缮、能源、医疗、物业、公寓、餐饮、交通、经营等方面的服务与管理。

按照服务与管理分开的原则，后勤保障部各科室主要履行人财物的宏观管理、保障绩效管理及内部的管理、协调、服务职能。各中心实行目标责任制管理，通过订立一定的目标管理条款，厘清责、权、利关系。

近年来，在校党政的领导下，后勤保障部始终坚持管理规范、运行高效、智慧赋能、保障有力的宗旨，以标准化后勤为基础、以智慧化后勤为支撑、以品质化后勤为目标，深化改革、深入挖潜，构建高水平管理平台、高质量服务体系，实现安全工作始终有效有力，服务保障持续提档升级，师生满意率逐年稳步上升，获得“全国高校后勤文化建设优秀单位”“全国高校物业管理优秀项目”“省高校后勤劳动教育实践案例示范单位”“省公共机构节能低碳示范单位”“江苏省高校后勤系统新冠肺炎疫情防控工作先进集体”“南通市抗击新冠肺炎疫情先进集体”等多项荣誉，在兄弟高校与社会上产生良好美誉度，为全校师生幸福美好的校园生活提供了坚实有力的后勤保障。

下一步，后勤保障部紧紧围绕校第四次党代会提出的目标，以实干求创新，以发展求突破，找准攻坚路线，落实好“两项计划”，即后勤信息化建设“三年行动计划”、保障工程升级计划，加快智慧后勤建设步伐，着力解决师生“急难愁盼”问题。建设好“四大工程”，即美丽校园建设工程、美好服务升级工程、后勤改革深化工程、文化后勤提升工程，以“管理规范、运行高效、智慧赋能、保障有力”为目标，脚踏实地、开拓创新、奋勇争先，做好后勤管理改革“后半篇文章”，为全面建设特色鲜明的国内一流大学、为实现“名城名校”融合发展战略贡献更多更大的后勤力量！